La interface gráfica de Veusz es sencilla, yo diría que más intuitiva que la de Grapher. Con este programa se pueden hacer muchísimos tipos de gráficas, e incluso anidarlas para formar figuras con varias gráficas en ellas. En la web de Veusz hay muchos ejemplos, con su fichero incluido, de manera que puedes cargarlos en tu ordenador y usarlos como plantilla. Se puede usar además por línea de comandos, usando scripts y como módulo de representación gráfica para Python.
Seguramente habrá otros programas de representación gráfica más sencillos, o con más opciones, pero si buscas un programa gratis, multiplataforma y que respete los NaN en la gráfica, este es el tuyo.
